![]()
26
| 4 | 2006
Klinisk Biokemi i Norden
Standard PCR baserte metoder detekterer ikke
større genomiske rearrangementer, inkludert deles-
joner og insersjoner av hele exons. To relativt nye
metoder for deteksjon av slike endringer i DNA er
MLPA (multiplex ligation-dependent probe amp-
lification) og MAPH (multiplex amplification and
probe hybridization). Disse er basert på sekvens-
spesifikk hybridisering av prober til genomisk DNA,
etterfulgt av amplifisering av den hybridiserte pro-
ben og semikvantitativ analyse av det resulterende
PCR produktet. Den relative intensiteten på pro-
duktene fra hver probe indikerer konsentrasjonen
i templatet (dvs. tilstedeværelse av én eller flere
kopier av det undersøkte området).
Langt de fleste kjente mutasjonene i
BRCA1
og
BRCA2
er mutasjoner som involverer mindre dele-
sjoner eller insersjoner. Denne typen mutasjoner
kan også detekteres ved fragmentlengdeanalyser
(FA) som er enkle å designe, raske og kostnadsef-
fektive, i tillegg til at de er forholdsvis lette å sette
opp i multiplex. Denne metoden er spesielt egnet
ved undersøkelse i store pasientmaterialer elle ved
hyppig forekommende mutasjoner (f.eks. ved foun-
dereffekter).
Ved bruk av disse mer ”indirekte” metodene vil
en ved funn forskjellig fra wild type ikke komme
utenom sekvensering når det gjelder å påvise vari-
asjonen eksakt på DNA nivå.
(Fortsat fra side 25)
Figur 1
Testpanel for fragmentlengdeanalyser av hyppige mutasjoner i BRCA1 og BRCA2. (a) Wild type resultat for screen-
ing av 13 ulike mutasjoner; 10 i BRCA1 (816delGT, 913delCT, 1135insA, 1191delC, 1675delA, 2470del7, 3171ins5,
3203del11, 3347delAG og 4864delA) og tre i BRCA2 (3036del4, 4075delGT og 4088delA). Nummerering under (c) er
størrelser på wild type fragmentene. (b) Positive kontroller for de ulike mutasjonene i det opprinnelige panelet som ble
designet, med * under foundermutasjonene 816delGT (blå), 1135insA (grønn), 1675delA (sort) og 3347delGT (rød). (c)
Positive kontroller for fire andre kjente mutasjoner som også detekteres av dette panelet.
