![]()
25
| 4 | 2006
Klinisk Biokemi i Norden
Gentester finner mutasjoner, ikke sykdom. En
presis gentest kan gi svar på om en mutasjon er
tilstede, men det behøver ikke å bety at sykdommen
vil utvikle seg. En metaanalyse av 22 studier har
beregnet den gjennomsnittlige kumulative risikoen
for en at mutasjonsbærer skal ha utviklet kreft ved
fylte 70 år til 65% for mutasjoner i
BRCA1
og 45%
for mutasjoner i
BRCA2
[
10
]. Risikoen er høy, men
ikke absolutt. Samtidig er familiemedlemmer som
tester negativt for familiens mutasjon på ingen
måte fritatt for kreftrisiko, og vil over tid også
kunne få genetiske endringer relatert til bryst- og/
eller eggstokkreft i samme grad som befolkningen
generelt.
Mutasjonsspekteret i
BRCA1
og
BRCA2
er svært
heterogent og dekket hele det kodende området
samt intron-exon overgangene. The Breast Cancer
Information Core (BIC) har registrert mer enn 1600
ulike varianter i
BRCA1
og mer enn 1900 varian-
ter i
BRCA2
i sin database (http://research.nhgri.
nih.gov/bic/). Disse variantene representerer også
normalvariasjon og varianter med usikker biologisk
betydning. Hovedtyngden av variantene i disse
genene er substitusjoner og delesjoner/insersjoner
av en eller flere basepar. Slike varianter samme
med nonsensemutasjoner fører til for tidlig stopp
i proteinsyntesen og gir derved ufullstendige pro-
teiner. Disse variantene representerer patogenetiske
mutanter. Mutasjonsspekteret i
BRCA1
og
BRCA2
inkluderer også missensemutasjoner samt større
genomiske rearrangementer, inkludert delesjoner
og insersjoner av hele exons. På grunn av genenes
størrelse samt kompleksiteten i funksjonell biologi,
er det grunn til å tro at ulike mutasjoner vil resul-
tere i ulike effekter i forhold til kreftrisiko.
Metodologi for mutasjonsscreening
Siden ingen analysemetode alene er tilstrekkelig for
å detektere alle mulige typer mutasjoner i
BRCA1
og
BRCA2
, er det nødvendig å bruke flere ulike
teknikker i kombinasjon ved mutasjonsscreening.
Ulike laboratorier har valgt ulike strategier, men det
er likevel vanlig med komplementære metoder for
mutasjonsdeteksjon.
Direkte sekvensering defineres gjerne som ”gull-
standarden” ved mutasjonsscreening. Metoden er
presis og påviser variasjoner nøyaktig, men den er
tidkrevende og forholdsvis kostbar. Flere raskere
og mer kostnadseffektive metoder benyttes gjerne
alene eller i kombinasjon med direkte sekvensering
for mutasjonsscreening.
Flere av disse metodene er basert på egenskaper
relatert til den termodynamiske forskjellen mellom
DNA trådene ved ulik basesammensetningen (mobi-
lity-shift assays). DNA trådene analyseres i en
stasjonær fase under delvis denaturerende betingel-
ser og gir separasjon av homo- og heteroduplexer. I
slike systemer opptrer både homo- og heterozygote
variasjoner forskjellig fra wild type og egner seg
derfor også godt til påvisning av homozygote vari-
asjoner. Deteksjonssensitiviteten varierer ved ulike
metoder, fra forholdsvis lav for SSCP (single strand
conformational polymorphism) (70-85%) til opp
mot 100% for dHPLC (denaturing high-performance
liquid chromatography) og CSCE (conformation-
sensitive capillary electrophoresis).
Svært mange sykdomsrelaterte mutasjoner gir for
tidlig stopp i proteinsyntesen, og en relativt effektiv
screeningsmetode er PTT (protein truncation test).
PTT er et
in vitro
system for koblet transkripsjon-
translasjon som brukes for mutasjonsscreening av
hele det kodende området i små gener med mange
exons (via mRNA og cDNA) samt screening av store
exons (bl.a. exon 11 i
BRCA1
og exon 10 og 11 i
BRCA2
) direkte på genomisk DNA. Ved analyser
via mRNA vil denne metoden også detektere muta-
sjoner relatert til RNA prosessering samt enkelte
genomiske delesjoner/insersjoner som involverer
hele exons.
(Fortsætter side 26)
Island. Foto: Ingunn Torsteinsdottir
